玉门逼宫事件发生，内阁、六部、都察院、小九卿、翰林院、通政司都牵扯进来，如果把他们都关进镇抚司大牢，那么朝廷就为之一空，万历皇帝这里犯了难。

第二天太子少保刑部尚书严清上奏：“太祖曾有圣训，天子应广听下情，亏陛下圣明，励精图治，一扫奸邪，天下盛世已至，圣上奉天法祖，本该总揽朝政，如遇大事应召集群臣商议，群臣有背圣上，可敕臣等镇压，切不可动刀兵。”

严清的这道奏疏，恰到好处，搬出组训规劝万历皇帝，然后又吹捧一番，同时给万历皇帝和张居正等群臣矛盾一个台阶下。

万历皇帝当时批复，召集群臣商议。

现在革除所有官员，毕竟不太好，这些人万历皇帝都记住，准备以后再找他们算账，不过也不能不教训他们。

万历皇帝下敕谕：“内阁辅臣大学士潘晟、礼部尚书方逢时押解到镇抚司，敕令都察院审讯定罪。”

这两个人都是张居正的楚党，现在张居正朝中党羽还有不少，不过这两个月，曾省吾、潘晟、方逢时接连被拿下，朝中官员也知道，张居正倒台不远。

当方逢时、潘晟被关进镇抚司后，万历皇帝又下谕：“在京官员自陈，论黜不究。”

万历皇帝的意思很明显，主动认错不追究，这道上谕的意思，就是让官员们主动认逼宫的举动，上奏疏就是认罪伏法，万历皇帝宽仁大量，放过你们，显示皇恩浩荡。

京城城门关闭两天，这次逼宫事件一百多官员被治罪，大学士潘晟、礼部尚书方逢时、太仆寺卿、礼部右侍郎、兵部左侍郎、都察院佥都御史、鸿胪寺少卿、翰林院侍读学士、礼部、工部、刑部、户部、吏部、兵部等官员或辞官或被缉捕至镇抚司、刑部大牢。

万历皇帝敕令抄家，所得财务全部运到内库，同时上谕：“蠲免山西、北直隶、辽东全年赋税，以抚慰百姓。”

京城原有官员两千两百人，京察、逼宫事件、以及诽谤皇帝，这三次清理掉在京官员两百一十七人，等待这些官员的将会是漫长的审问。

查抄定国公府、成国公府、武清伯府、潘晟、曾省吾、方逢时府邸，所得财务白银三百万两、黄金五万两、各类物品折银两百万两，这还不算田地、商铺、房契，还有这些官员老家。

虽说一口气大杀四方，畅快非常，留下的烂摊子不好收拾，张居正告病闭门不出，儿子张懋修当场死亡，张府办白事。

万历皇帝虽然斩杀他，还是派内侍送去奠仪。

内阁辅臣、礼部尚书、都察院右督御史、吏部、户部、礼部、兵部、刑部、工部侍郎砍掉一半，如果不能立即处理好人事，那么朝廷将会出现停摆。

八月二十七，举行廷议。

升吏部尚书王国光为东阁大学士，任户部尚书。

户部尚书张学颜，任礼部尚书。

内阁辅臣申时行任吏部尚书，属理吏部事。

杨魏任兵部尚书。